J's Blog

我心有海,暗流澎湃

我在 2017 年或者更早,就搭建了自己的独立博客,那时主要写一些随笔,更的很少很慢。研究生和工作之后,开始转向写一些技术内容,当然了,主要是一些学习笔记,毕竟我还没有到能独立输出知识的地步。同时博客的更新频率也相对多了些。一方面,我关注的方向比较多,涉猎广泛杂乱;另一方面,我逐渐养成整理知识体系的习惯,并使用了一些 Markdown 类的管理工具,方便转成博客。

属于独立博客的时代已经过去了。我所坚持的似乎是一件很老套的事情,就如同在精心维护一片野花园,却处在偏远山中,少有人游览。但我觉得呢,那些花儿本身,就值得被栽种盛开。

我想,写博客的目的,首先是记录。“那些很渺小的东西,都是我人生的大事。”我始终保持对文字的敬畏,我们应该记录和表达一些东西。只可惜,我好像能静下来思考的时间越来越少,我好久没能写一篇完整的随笔。

其次,写博客的目的是共享。我很乐意分享我学习和总结到的一些东西,并期待在提供帮助的同时,也能收到一些反馈。从后台统计看,我很高兴一些内容似乎帮助到了某些陌生人,至少,对 AI 起了帮助。

此外,我认为比无知更可怕的是误解。我担心在传递这些内容的同时,由于我的不足也传递了谬误。所以,亲爱的陌生人,如果您有任何的疑问,请一定不要吝惜与我交流( jiangshen@outlook.com )。

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总 RNA 提取

材料

  • 悬浮或单层生长的细胞样品或组织样品
  • 氯仿或1-溴-3-氯丙烷(氯仿,品牌:Greagent,型号/货号:G75915B)

溴氯丙烷是一种可取的氯仿替代物,因为它毒性更小且不易挥发。此外,溴氯丙烷可以提供更好的液相分离,从而更好地从总 RNA 中去除基因组 DNA,获得更纯的 RNA。

  • 异丙醇(异丙醇,品牌:Greagent,型号/货号:G75885B)
  • 糖原(20 mg/mL 储存液)(可选)
  • 无 RNase 的水(DEPC 水,品牌:Beyotime,型号/货号:R0022)
  • 乙醇(无水乙醇,品牌:Greagent,型号/货号:G73537AC)
  • 75% 乙醇(用无水乙醇和 DEPC 水配制)
  • 单相裂解试剂(如 TRIzol)(TriQuick Reagent 总 RNA 提取试剂,品牌:Solarbio,型号/货号:R1100)
  • 磷酸盐缓冲液(PBS)(1X)(PBS 缓冲液,品牌:Solarbio,型号/货号:P1020)
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  1. 每周更新一篇推文,保持写作和记录习惯;
  2. 合理安排时间,早睡早起,每周至少 4 天在 24:00 前睡觉;
  3. 必须参加 IELTS,并 ≥ 7.0;
  4. 对专业知识有系统的了解,对相关法规有较全面的认识;
  5. 锻炼,控制 BMI ≤ 22.0;
  6. 系统学习摄影知识;
  7. “宁可痛苦,不要麻木”,常留点时间思考,静下心来看几本书和几部电影;
  8. 多向外索取,表达是方式,而不是目的;
  9. 及时行动,勇敢不要犹豫。

实验动物相关生理参数

Table 1. Relevant physiological parameters for different animals1

Animal species Weight (kg) Blood volume (mL) Blood flow (mL/min) Total surface area (m^2) Life-span (year) Normal oral (mL/kg) Normal i.v. (mL/kg)
Mouse 0.02 1.7 Liver: 1.8; kidney: 1.3 0.008 2.7 10 5
Rat 0.25 13.5 Liver: 13.8; kidney: 9.2 0.023 4.7 5–10 2.5
Rabbit 2.5 165 Liver: 177; kidney: 80 0.17 8.0 5–10 1–2
Rhesus monkey 5 367 Liver: 218; kidney: 138 0.32 22 5–8 0.5–1
Dog 10 900 Liver: 309; kidney: 216 0.51 20 5–8 0.5–1

不同途径推荐给药体积

Table 2. Recommended Dose Volumes for Common Laboratory Animals2

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数据要求

  1. 反应结束后需要确认扩增曲线及熔解曲线,标准扩增曲线为 S 型,熔解曲线呈单峰;

  2. Ct 值介于 20–30 之间时,定量分析最准确;Ct 值小于 10 时,需要将稀释模板后,重新进行实验;Ct 值介于 30–35 之间时,需要提高模板浓度,或者增大反应体系的体积,以提高扩增效率,保证结果分析的准确性;Ct 值大于 35 时,检测结果无法定量分析基因的表达量,但可用于定性分析。

  3. 定量实验至少需要三个生物学重复;所有复孔间的差别应该在 0.5 Ct 内;在 35 个循环以后,Ct 值变化较大,定量结果可能不太可靠。

标准扩增曲线为 S 型,如下图:

PCR 前期,目的 DNA 以指数形式扩增,这一扩增时期称为指数期(Exponential phase);PCR 后期,由于引物和 dNTP 等反应底物的减少,目的 DNA 片段扩增的速度变慢,直至停止,这一扩增时期称为平台期(Plateau phase)。qPCR 过程中,荧光值随着目的 DNA 的扩增而增加,当荧光值达到阈值时的循环数称为 Ct 值,Ct 值越小,说明目的 DNA 的初始浓度越大。

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反转录

材料

  • 已测定浓度的总 RNA 样品
  • PrimeScript™ RT Master Mix (Perfect Real Time)(品牌:TaKaRa,型号/货号:RR036A)

It contains a 5X pre-mixed reagent containing all of the components needed for quantitative RT-PCR reverse transcription (PrimeScript RTase, RNase Inhibitor, Random 6 mers, Oligo dT Primer, dNTP Mixture, and reaction buffer), and a reaction can be started simply by adding template RNA and water.

  • RNase Free dH2O(PrimeScript™ RT Master Mix 内置)
  • 微量离心管(0.2 mL)(PCR 单管,品牌:A-gen,型号/货号:PCR-02)
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材料

  • 悬浮或单层生长的细胞样品或组织样品
  • 氯仿或1-溴-3-氯丙烷

溴氯丙烷是一种可取的氯仿替代物,因为它毒性更小且不易挥发。此外,溴氯丙烷可以提供更好的液相分离,从而更好地从总 RNA 中去除基因组 DNA,获得更纯的 RNA。

  • 乙醇(75%),用焦碳酸二乙酯(DEPC)处理的水配制
  • 糖原(20 mg/mL 储存液)(可选)
  • 异丙醇
  • 单相裂解试剂(如 TRIzol)
  • 磷酸盐缓冲液(PBS)(1X)
  • 无 RNase 的水

设备

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前言

尾静脉注射是小鼠实验最常见的给药方式之一,也是较难掌握的小鼠实验技能。我在很长一段时间内,也是一直没有掌握到实验精髓。

在早期实验条件差的时候,我们都是先把小鼠麻醉,然后用 250 mL 或是 500 mL 的烧杯扣住,把小鼠的尾巴从杯嘴漏出来,接着用 1 mL 注射器给药。在如此条件下,我们实验室历史上仍然有两三个人能取得较高的成功率,每一位一到实验都是炙手资源,可谓是实验的大救星。我本人也曾尝试努力钻研相关技巧,一度能达到尾静脉注射 C57 有近 50% 的成功率,甚至颇为自豪,可惜的是一个月后的才开始正式实验,生疏许久之后手感全无,无奈最后还是请来帮手。至此,只能放弃认命,而我提升实验室地位的尝试也就此失败。

后来到了一个新实验室,老板斥资买了一个小鼠尾静脉注射仪,摸索了一下,发现相当实用,熟练后一针成功率估计有 80%,两针基本都能打进,不经感叹“科技改变生活”。很早以前在网上听过某个老师讲一句话,大意是“科研 = IT = Ideas + Tools”,如今想来,感慨万千,不经潸然泪下。

小鼠尾巴结构

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最近换了个路由器,不过只能刷 OpenWrt 固件。我之前用的都是 Padavan,几乎可以一键配置 IPv6,加上有 IPv6 公网,非常方便我在外使用远程桌面。不过换成 OpenWrt 后,前后折腾了一个多星期,才搞定了 OpenWrt IPv6 中继。

这里稍微介绍一些 IPv6 基础知识,同时记录一下 OpenWrt 开启 IPv6 中继实现过程。

IPv6 基础知识

IPv6 地址规范

IPv6 地址的长度为 128 bits(2128),由八组 16 位字段组成,相邻字段用冒号分隔,如:

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