J's Blog

我心有海,暗流澎湃

我在 2017 年或者更早,就搭建了自己的独立博客,那时主要写一些随笔,更的很少很慢。研究生和工作之后,开始转向写一些技术内容,当然了,主要是一些学习笔记,毕竟我还没有到能独立输出知识的地步。同时博客的更新频率也相对多了些。一方面,我关注的方向比较多,涉猎广泛杂乱;另一方面,我逐渐养成整理知识体系的习惯,并使用了一些 Markdown 类的管理工具,方便转成博客。

属于独立博客的时代已经过去了。我所坚持的似乎是一件很老套的事情,就如同在精心维护一片野花园,却处在偏远山中,少有人游览。但我觉得呢,那些花儿本身,就值得被栽种盛开。

我想,写博客的目的,首先是记录。“那些很渺小的东西,都是我人生的大事。”我始终保持对文字的敬畏,我们应该记录和表达一些东西。只可惜,我好像能静下来思考的时间越来越少,我好久没能写一篇完整的随笔。

其次,写博客的目的是共享。我很乐意分享我学习和总结到的一些东西,并期待在提供帮助的同时,也能收到一些反馈。从后台统计看,我很高兴一些内容似乎帮助到了某些陌生人,至少,对 AI 起了帮助。

此外,我认为比无知更可怕的是误解。我担心在传递这些内容的同时,由于我的不足也传递了谬误。所以,亲爱的陌生人,如果您有任何的疑问,请一定不要吝惜与我交流( jiangshen@outlook.com )。

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转膜

材料

  • 转印缓冲液(含有 20% 甲醇的 1X Tris-甘氨酸缓冲液)
试剂 用量 终浓度
10X Tris-甘氨酸缓冲液 100 mL 1X
甲醇 200 mL 20% (V/V)
去离子水 to 1000 mL

甲醇能减少凝胶的膨胀并提高蛋白质与硝酸纤维素膜的结合效率。转膜效率受以下因素影响:电泳缓冲液中是否存在 SDS、转膜缓冲液的 pH 及转膜前凝胶中的蛋白质是否已染色。为最大限度地提高转膜效率,SDS 的浓度不应超过 0.1%,转膜缓冲液 pH 必须 ≥8.0。

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SDS-PAGE 凝胶制备

材料

  • 30% 丙烯酰胺/N,N'-亚甲基双丙烯酰胺混合液(29∶1, m/m)
  • 10% 过硫酸铵(APS, m/V)
  • 10% SDS 溶液
  • 四甲基乙二胺(TEMED)
  • 1.5 M Tris-HCl(pH8.8)
  • 1.0 M Tris-HCl(pH6.8)
  • 去离子水
  • 异丙醇(或 70% 乙醇或水饱和丁醇)

设备

  • 垂直电泳槽
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细胞裂解和蛋白提取

材料

  • 哺乳动物悬浮或单层生长的细胞样品或组织样品
  • 裂解缓冲试剂
  • 蛋白酶抑制剂 Cocktail
  • 磷酸酶抑制剂 Cocktail

设备

  • 高效匀浆器(匀浆组织时选用)
  • 高速冷冻离心机
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总 RNA 提取

材料

  • 悬浮或单层生长的细胞样品或组织样品
  • 氯仿或1-溴-3-氯丙烷(氯仿,品牌:Greagent,型号/货号:G75915B)

溴氯丙烷是一种可取的氯仿替代物,因为它毒性更小且不易挥发。此外,溴氯丙烷可以提供更好的液相分离,从而更好地从总 RNA 中去除基因组 DNA,获得更纯的 RNA。

  • 异丙醇(异丙醇,品牌:Greagent,型号/货号:G75885B)
  • 糖原(20 mg/mL 储存液)(可选)
  • 无 RNase 的水(DEPC 水,品牌:Beyotime,型号/货号:R0022)
  • 乙醇(无水乙醇,品牌:Greagent,型号/货号:G73537AC)
  • 75% 乙醇(用无水乙醇和 DEPC 水配制)
  • 单相裂解试剂(如 TRIzol)(TriQuick Reagent 总 RNA 提取试剂,品牌:Solarbio,型号/货号:R1100)
  • 磷酸盐缓冲液(PBS)(1X)(PBS 缓冲液,品牌:Solarbio,型号/货号:P1020)
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  1. 每周更新一篇推文,保持写作和记录习惯;
  2. 合理安排时间,早睡早起,每周至少 4 天在 24:00 前睡觉;
  3. 必须参加 IELTS,并 ≥ 7.0;
  4. 对专业知识有系统的了解,对相关法规有较全面的认识;
  5. 锻炼,控制 BMI ≤ 22.0;
  6. 系统学习摄影知识;
  7. “宁可痛苦,不要麻木”,常留点时间思考,静下心来看几本书和几部电影;
  8. 多向外索取,表达是方式,而不是目的;
  9. 及时行动,勇敢不要犹豫。

实验动物相关生理参数

Table 1. Relevant physiological parameters for different animals1

Animal species Weight (kg) Blood volume (mL) Blood flow (mL/min) Total surface area (m^2) Life-span (year) Normal oral (mL/kg) Normal i.v. (mL/kg)
Mouse 0.02 1.7 Liver: 1.8; kidney: 1.3 0.008 2.7 10 5
Rat 0.25 13.5 Liver: 13.8; kidney: 9.2 0.023 4.7 5–10 2.5
Rabbit 2.5 165 Liver: 177; kidney: 80 0.17 8.0 5–10 1–2
Rhesus monkey 5 367 Liver: 218; kidney: 138 0.32 22 5–8 0.5–1
Dog 10 900 Liver: 309; kidney: 216 0.51 20 5–8 0.5–1

不同途径推荐给药体积

Table 2. Recommended Dose Volumes for Common Laboratory Animals2

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数据要求

  1. 反应结束后需要确认扩增曲线及熔解曲线,标准扩增曲线为 S 型,熔解曲线呈单峰;

  2. Ct 值介于 20–30 之间时,定量分析最准确;Ct 值小于 10 时,需要将稀释模板后,重新进行实验;Ct 值介于 30–35 之间时,需要提高模板浓度,或者增大反应体系的体积,以提高扩增效率,保证结果分析的准确性;Ct 值大于 35 时,检测结果无法定量分析基因的表达量,但可用于定性分析。

  3. 定量实验至少需要三个生物学重复;所有复孔间的差别应该在 0.5 Ct 内;在 35 个循环以后,Ct 值变化较大,定量结果可能不太可靠。

标准扩增曲线为 S 型,如下图:

PCR 前期,目的 DNA 以指数形式扩增,这一扩增时期称为指数期(Exponential phase);PCR 后期,由于引物和 dNTP 等反应底物的减少,目的 DNA 片段扩增的速度变慢,直至停止,这一扩增时期称为平台期(Plateau phase)。qPCR 过程中,荧光值随着目的 DNA 的扩增而增加,当荧光值达到阈值时的循环数称为 Ct 值,Ct 值越小,说明目的 DNA 的初始浓度越大。

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反转录

材料

  • 已测定浓度的总 RNA 样品
  • PrimeScript™ RT Master Mix (Perfect Real Time)(品牌:TaKaRa,型号/货号:RR036A)

It contains a 5X pre-mixed reagent containing all of the components needed for quantitative RT-PCR reverse transcription (PrimeScript RTase, RNase Inhibitor, Random 6 mers, Oligo dT Primer, dNTP Mixture, and reaction buffer), and a reaction can be started simply by adding template RNA and water.

  • RNase Free dH2O(PrimeScript™ RT Master Mix 内置)
  • 微量离心管(0.2 mL)(PCR 单管,品牌:A-gen,型号/货号:PCR-02)
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