Introduction

PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system on an open-source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.¹ There are official binaries available for students,² and unofficial versions out there as well. But the educational-use-only PyMOL is not provided for the purposes of academic research or publication.

So, I will explain how to install the unofficial PyMOL software in this tutorial.

PyMOL was written in the programming language Python, normal operation of the program required the Python environment. It's recommended to using Anaconda to create an isolated Python environment for PyMOL, if you need to use other softwares required Python environment in the future.

Install Anaconda to Create Python Environment

1 Ubuntu更新内核

  1) 查看 Linux 内核版本：

uname –r

  2) 进入 https://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/ 下载需要 3（或4）个文件：

1
2
3
4

linux-headers-VERSION-NUMBER_all.deb
linux-headers-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb
linux-image-unsigned-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb
linux-image-modules-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb   # if available

1 Windows 10 启用 Administrator 账户

  开启：以管理员权限运行命令提示符，输入 net user administrator /active:yes 回车。

  关闭：以管理员权限运行命令提示符，输入 net user administrator /active:no 回车。

2 Chrome 无法保存http协议的下载文件

  在网址栏中输入 chrome://flags/#treat-unsafe-downloads-as-active-content，将“Treat risky downloads over insecure connections as active mixed content”改为“Disabled”。

1 写在前面

  目的：规避风险，捍卫权益；锻炼思维，开拓视角。

  背景：非法学研究生，无法学背景。

  目标：以通过法考为手段，初步培养法律思维，了解法律体系的运转。

2 整体规划

  systemd 是一个 Linux 系统基础组件的集合，提供了一个系统和服务管理器，运行为 PID 1 并负责启动其它程序。

  systemctl 是 systemd 的主命令，通常与 Unit 的配置文件配合，用于管理系统。

Unit 的配置文件

  每一个 Unit 都有一个配置文件，告诉 systemd 怎么启动这个 Unit 。

  systemd 默认从/etc/systemd/system/读取配置文件。但一般通过符号链接指向/usr/lib/systemd/system/，这才是实际存放配置文件目录。

2017年5月于南京

  在南京最后的夜晚，我在这个城市游荡。这是一个温润的城市，空气中的水汽凝聚在鼻尖，勾起人们最细腻的情感。

  反复之后，终于有了决心去买蟹黄汤包，却被告知售罄。犹豫不决的后果往往留下遗憾，这是对怯弱者残酷的惩罚。我以为关于南京的记忆就要到此截止：一座跟武汉一样积木堆砌的城市，一段厚重近乎沉重的历史和一些在心底慢慢发酵的伤感。

  所以，我庆幸在这个城市的最后一个夜晚，让我又遇见你。游荡的目的在几乎要被落空的时候，它又蓄谋了一个巨大的惊喜。就像是一切注定自有安排，就像江流，最后总会相遇大海。