J's Blog

我心有海,暗流澎湃

1 前言

  根据量子力学理论,波函数能够给出一个系统系全部物理量的信息,因此只要求解薛定谔方程Schrödinger equation)就能够准确预测整个体系的各种性质。但是对于多体系来说,计算过于复杂,准确求解薛定谔方程几乎不可能。密度泛函理论Density-functional theory , DFT )正是为了求解薛定谔方程而发展的一种近似方法,通过近似和变换,能够较为准确地求解薛定谔方程,使理论化学计算成为可能。 [1]

  开始之前,首先引入泛函Functional)的概念。泛函是函数的函数(A functional is a function of a function),即 F[f],其中 f(x) 也是一个函数。密度泛函从字面意思来讲就是,将薛定谔方程表达为电子密度的泛函。

2 Born–Oppenheimer 近似

  对于一个多体系,既包含了原子核又包括了电子。考虑到原子核的质量要比电子大很多,Born–Oppenheimer 近似(Born–Oppenheimer approximation)认为原子核相对于电子接近静止,可以将原子核变量从薛定谔方程中分离。薛定谔方程简化成关于电子变量的函数\[ {\displaystyle {\hat {H}}\Psi =\left[{\hat {T}}+{\hat {V}}+{\hat {U}}\right]\Psi =\left[\sum _{i=1}^{N}\left(-{\frac {\hbar ^{2}}{2m_{i}}}\nabla _{i}^{2}\right)+\sum _{i=1}^{N}V(\mathbf {r} _{i})+\sum _{i<j}^{N}U\left(\mathbf {r} _{i},\mathbf {r} _{j}\right)\right]\Psi =E\Psi ,} \]

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Introduction

PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system on an open-source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.1 There are official binaries available for students,2 and unofficial versions out there as well. But the educational-use-only PyMOL is not provided for the purposes of academic research or publication.

So, I will explain how to install the unofficial PyMOL software in this tutorial.

PyMOL was written in the programming language Python, normal operation of the program required the Python environment. It's recommended to using Anaconda to create an isolated Python environment for PyMOL, if you need to use other softwares required Python environment in the future.

Install Anaconda to Create Python Environment

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1 Ubuntu更新内核

  1) 查看 Linux 内核版本:

uname –r

  2) 进入 https://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/ 下载需要 3(或4)个文件:

1
2
3
4
linux-headers-VERSION-NUMBER_all.deb
linux-headers-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb
linux-image-unsigned-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb
linux-image-modules-VERSION-NUMBER-generic_amd64.deb # if available
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1 Windows 10 启用 Administrator 账户

  开启:以管理员权限运行命令提示符,输入 net user administrator /active:yes 回车。

  关闭:以管理员权限运行命令提示符,输入 net user administrator /active:no 回车。

2 Chrome 无法保存http协议的下载文件

  在网址栏中输入 chrome://flags/#treat-unsafe-downloads-as-active-content,将“Treat risky downloads over insecure connections as active mixed content”改为“Disabled”。

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1 写在前面

  目的:规避风险,捍卫权益;锻炼思维,开拓视角。

  背景:非法学研究生,无法学背景。

  目标:以通过法考为手段,初步培养法律思维,了解法律体系的运转。

2 整体规划

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  systemd 是一个 Linux 系统基础组件的集合,提供了一个系统和服务管理器,运行为 PID 1 并负责启动其它程序。

  systemctl 是 systemd 的主命令,通常与 Unit 的配置文件配合,用于管理系统。

Unit 的配置文件

  每一个 Unit 都有一个配置文件,告诉 systemd 怎么启动这个 Unit 。

  systemd 默认从/etc/systemd/system/读取配置文件。但一般通过符号链接指向/usr/lib/systemd/system/,这才是实际存放配置文件目录。

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从今天起,要认真生活
趁黎明还未清醒
听早莺在树梢唱歌
向新的一天问好
每个平凡的日子
都值得好好对待
即使明天还不确定,即使会有暴风雨

做个简单的人
去建一座面海的房子
向昨天告别
给每个人带去问候
从今天起,开始热爱生活
也不需要总是很忙碌
休息日就偷懒
让早晨的阳光
悄悄铺满窗子
一直爬到,熟睡的脸上

从今天起,要认真生活
做个有用处,也不讨厌的人

《印象》
到南京的时候,
还在下雨,
湿淋淋的,
它是个忧伤的城市。

《失落的秦淮河》
积木堆砌的城市,
原来长的都一样。

《成都》
身体是失去知觉的躯壳,
心不再去其它城市流浪,
我怕爱上别的地方。

《游陵》
帝王将相宁有种,
不入黄土不入尘。

《屠戮》
嘶裂的雕像,
把悲伤定格
在零点零几秒。

《又下雨了》
南京,别为我流泪,
我只是路过的人,
不值得伤悲。

《等》
终点站的地铁,
一直不走,
它也知道,
有人在等。

《升温》
城市在高烧。

《修伞匠》
修十年伞,
寻一万金。

《再会,南京》
南京的五月,
空气里的水份聚在鼻尖,
我记起故事的要素,
时间,人物,地点。

2017年5月于南京

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